Dans le cadre de son initiative 'Hera Incubator' (EUROPE 12660/1), la Commission européenne avait promis aux États membres des orientations sur les procédures de séquençage du SARS-CoV-2, virus à l’origine de la Covid-19. C’est désormais chose faite : le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC) a publié, lundi 3 mai, une série de recommandations en la matière.
« La surveillance génomique du SARS-CoV-2 est essentielle pour détecter, suivre et évaluer les variantes du virus », rappelle l'ECDC, soulignant que cette surveillance requiert « une stratégie d'échantillonnage et de séquençage bien définie pour garantir la représentativité et la fiabilité des résultats ».
Le document élaboré par l’ECDC offre donc « des conseils pratiques » aux États membres sur le sujet. Il recommande notamment deux approches complémentaires en matière de prélèvement d’échantillons : un échantillonnage représentatif des cas de SARS-CoV-2 positifs à la RT-PCR - donc détectés dans le cadre de contrôles de routine - d’une part, et un échantillonnage ciblé des cas positifs de SARS-CoV-2 survenant dans des contextes ou des populations particulières, d’autre part.
L’ECDC fournit des informations sur le nombre d’échantillons à séquencer, les tailles des échantillons ou encore les options pour les sélectionner.
Concernant l'échantillonnage des cas survenant dans des contextes et populations particulières, il recommande notamment un échantillonnage complet en cas de réinfections après vaccination ou en cas d’infection de personnes ayant des antécédents de voyage dans des zones où les variants sont endémiques.
La Commission espère que le suivi de ces orientations par les États permettra une compatibilité des procédures de séquençage dans l’ensemble de l’UE et des échanges de données rapides.
Pour consulter le document : https://bit.ly/3umk7LH (Agathe Cherki)